O Programa de Pós-Graduação em Engenharia Mineral – PPGEMin é administrado por uma Comissão Coordenadora do Programa (CCP) composta de quatro membros titulares, sendo três docentes orientadores plenos credenciados no Programa e um representante discente, tendo cada membro titular seu suplente.
As disciplinas e o desenvolvimento das pesquisas ocorrem nas duas unidades do Departamento de Engenharia de Minas e de Petróleo, sendo o campus do Butantã focado nas linhas de pesquisa em Engenharia de Minas e em Santos as atividades relacionadas a Engenharia de Petróleo.
O Coordenador e um Vice-Coordenador são escolhidos dentre os membros titulares docentes da CCP. Os atuais membros da CCP (regulamento PPGEMin de 2008) são:
| Coordenador | Profa. Dra. Ana Carolina Chieregati | (Prof. Dr. Giorgio Francesco Cesare de Tomi) |
| Vice-Coordenador | Prof. Dr. Homero Delboni Jr. | (Prof. Dr. José Renato Baptista de Lima) |
| Prof. Dr. Luis Enrique Sánchez | (Profa. Dra. Carina Ulsen) | |
| Representante discente | Rafael Alves de Souza Felipe |